柔性版印刷機與卷筒紙輪轉凸印機的結構相似，為卷筒輪轉印明機，一般由開卷部分、印刷部分、干燥部分及復卷部分組成。

①開卷部分 它是柔性版印刷機的輸料部分， 其作用是使印料開卷、平整地進人印刷機，并在印刷機轉速減慢或停機時，消除承印材料上的皺紋并防止卷筒紙拖到地面上。

②印刷部分它 是柔性 版印刷機的核心部分，每一個單色機組均裝有墨槽、墨斗輥、供墨輥、印版滾筒和壓印滾筒、金屬網紋輥組成。設有縱、橫向套色調正裝置，有正、反面印刷裝置。

③干燥部分柔性版印刷機速度很快，在將卷筒紙復卷到收料軸之前，必須首先使卷筒印料上的印墨干燥，否則未干的印墨會使印品沾臟，在多色印刷時還會出現套色故障。在收卷前和印刷過程中都裝有冷、熱風干燥裝置。

④復卷部分它是柔性版印刷機的收料部分，其作用和開卷部分相似。結構很簡單，只需在普通的軸承上裝一個軸，通過鐵芯夾盤固定住卷紙軸，就可卷取印刷機上完成印刷的卷筒紙。


在現代柔性版印刷機上，一般還有張力控制、料帶導向、印刷圖像觀察等附加控制、檢測裝置。除此以外，許多柔性版印刷機還裝備了上光、覆膜、燙金、壓凸、模切、打孔、分切等印后加工裝置，成為聯合生產線。